Dahulu, Desa Kertomulyo dikenal dengan istilah Geneng yang kemudian berubah menjadi Geneng Sendang. Sendang adalah sumber air yang tidak pernah mengalami kekeringan dan merupakan tempat yang sakral. Konon ketika Sunan Bonang melakukan perjalanan bersama Adipati Dampoawang menuju Sunan Muria Kudus menaiki kapal menyusuri pantai dari Rembang ke Jepara, kapal yang dinaikinya pecah di Pantai Kertomulyo. Kemudian, Sunan Bonang dan Adipati Dampoawang melanjutkan perjalanan dengan jalan kaki melalui perkampungan Desa Kertomulyo. Saat melewati desa, Sunan Bonang kehausan dan meminta minum kepada warga sekitar. Namun, penduduk sekitar tidak memberikan air minum kepadanya. Sunan Bonang pun mengeluarkan kata-kata dengan nada emosi lalu menancapkan tongkatnya ke tanah dan keluarlah air melimpah yang kemudian menjadi sebuah sendang. Peristiwa tersebutlah desa ini disebut dengan Geneng Sendang dan setelah kemerdekaan Indonesia namanya berubah lagi atas pemberian dari Kabupaten Pati menjadi Desa Kertomulyo sekaligus menjadi bagian dari Kecamatan Trangkil.

Desa Kertomulyo merupakan salah satu desa di Kecamatan Trangkil, Kabupaten Pati yang didirikan oleh seorang danyang (orang yang membuka desa) bernama Mbah Sumilah yang sekaligus menjadi kepala desa pertama. Masyarakat desa meyakini bahwa Mbah Sumilah masih hidup dan sering menampakan diri di dekat sendang menggunakan pakaian adat jawa menjelang kegiatan sedekah bumi karena tidak ada yang mengetahui kapan beliau meninggal. Kepemimpinan Mbah Sumilah dilanjutkan dengan cara memilih kades selanjutnya dengan metode tradisional seperti menggunakan lidi yang dikumpulkan oleh seluruh masyarakat desa pada setiap calon kades. Apabila salah satu calon kades mendapatkan lidi paling banyak, maka beliau yang menjadi kades selanjutnya.

Berikut adalah daftar Kepala Desa Kertomulyo yang pernah menjabat dari awal berdirinya desa :

1. Mbah Sumilah                                              : Cikal Bakal Desa

2. Sastro Diwiryo                                              : Sekitar tahun 1900-an

3. Karto Karsiman                                             : 1900an - 1937

4. Budiman                                                        : 1937 – 1945

5. Kasmito                                                          : 1945 – 1955

6. Abdul Hamid                                                 : 1955 – 1988

7. Makmuri                                                        : 1988 – 1998

8. Imam Sudirman                                            : 1998 – 2007

9. Moh. Ali Mundir, ST                                     : 2007 – 2014

10. Pj. Kades/Sekdes Tulus Wiyono, S.H.        : 2014 – 2015

11. Kuswanto                                                       : 2015 – 2021

12. Pj. Kades/Sekdes Sulistiyowati                   : Februari 2021 – Maret 2021

13. H. Karyo Busono, SE                                     : 2021 - sekarang